En el pensamiento de Joseph Ratzinger el tema de la necesidad de purificación de la Iglesia es recurrente y se conecta con la realidad del sacramento de la confesión:
"La Iglesia es el testimonio constante de que Dios salva a los hombres, aunque éstos son pecadores. Por eso, por venir la Iglesia de la gracia, entra también en su ser que los hombres que la forman sean pecadores (...)
La Iglesia vive perpetuamente del perdón, que la transforma de ramera en esposa; la Iglesia de todas las generaciones es Iglesia por gracia, a la que Dios llama continuamente de Babilonia, donde, de suyo, habitan los hombres (...)
En este sentido, la santa Iglesia premanece en este mundo siendo Iglesia pecadora, que ora constantemente como Iglesia: Perdónanos nuestras deudas, así como nosotros perdonamos a nuestros deudores, así como nosotros perdonamos a nuestros deudores. Así se lo predicó San Agustín a sus fieles: <<Los santos mismos no están libres de pecados diarios. La Iglesia entera dice: Perdónanos nuesros pecados. Tiene, pues, manchas y arrugas (Ef 5, 27). Pero por la confesión se alisan las arrugas, por la confeisón se lavan las manchas. La Iglesia está en oración para ser purificada por la confesión, y estará así mientras vivieren hombres sobre la tierra>>."